Protože ještě nenaplnil všecko, co z Kristových utrpení měl na svém těle nést - i když rány Páně nosil - byl navštíven těžkou oční chorobou, skrze kterou na něm Bůh rozmnožil svoje milosrdenství. A protože se tato nemoc den ode dne zhoršovala a utrpení se pro jeho bezstarostnost značně zvětšovalo, přemluvil ho bratr Eliáš, kterého ustanovil ostatním bratřím za otce, aby už neodmítal léky, nýbrž je ve jménu Božího Syna, který je stvořil, užíval, jak je psáno: Pán dává ze země růst lékům a moudrý muž jimi nepohrdá. Mnoho lidí mu bylo ochotno svými léky pomáhat, ale účinný lék se nenašel. Jel tedy do Rieti, kde podle názoru lidí bydlil muž, který byl na tyto nemoci odborník. Když tam dojel, byl přijat přátelsky a uctivě celou římskou kurií, která tam tehdy dlela. Se zvláštní blahosklonností ho uvítal ostijský biskup, pan Hugolín. Svatého Otce napomínal, aby o sebe pečoval, léčení neodmítal, že by mu bezstarostnost v této věci mohla být připočítána spíš za hřích než za zásluhu. Svatý František poslouchal tedy pokorně, co mu tak důstojný pán a milovaný Otec přikazoval. Byl opatrnější a klidněji přijímal to, co bylo zapotřebí k jeho ošetření. Jeho choroba však už tak zastarala a pokročila, že bylo zapotřebí nejschopnějších odborníků a neúčinnějších léků, aby se jeho utrpení aspoň poněkud zmírnilo. Ačkoli ho na několika místech na hlavě pálili, žilou pouštěli a dávali náplasti a masti, jeho stav se nezlepšil, spíš zhoršil.