Během této doby začal blažený František trpět různými chorobami - a to daleko hůř než dříve. Často trpěl záchvaty slabosti; své tělo totiž přísně ukázňoval a v předchozích létech tvrdě pracoval. Už plných osmnáct let nikdy, nebo jen zřídkakdy dopřál tělu odpočinek. Stále putoval i vzdálenými kraji, aby ochotný, oddaný a plamenný duch, který dlel v jeho nitru, mohl všude zasévat sémě Božího slova … Ale protože to podle přirozeného zákona tak má být, vnější člověk denně slábne, i když se vnitřní obnovuje, i u Františka se opotřebovávala ona vzácná nádoba, v níž byl skryt nebeský poklad, a síly mu očividně ubývalo. Tak velice mu spása duší ležela na srdci, tolik žíznil získávat bližní, že když už nemohl chodit pěšky, začal jezdit krajem na oslu. Často ho bratři naléhavě napomínali, aby své nemocné a zesláblé tělo svěřil péči lékařů, aby ho léčili. František však, jehož duch byl upřen k nebi a jehož jediným přáním bylo odloučit se a být s Kristem, nechtěl o tom slyšet.