Na jeho rukou i nohou se totiž objevily rány hřebů. Na dlaních a horní části nohou bylo vidět hlavy, na druhé straně špičky hřebů. Hlavy hřebů na rukou i na nohou byly kulaté a černé, špičky podlouhlé a zahnuté a jakoby do těla vbité. Protože vyrůstaly z masa, trčely z chodidla ven, nad chodidlem se ohýbaly, takže se chodidlo při chůzi nedotýkalo země, a mezi chodidlo a ohnutou špičku hřebu bylo lze vložit prst. Toto vím od těch, kdo ho na vlastní oči viděli. Jeho pravý bok byl jakoby kopím proboden a stále v něm byla živá, rudá rána. Často z ní vytékala krev, která potřísňovala hábit i kalhoty. Jak málo bylo těch, kdo mohli ránu v boku vidět, dokud ukřižovaný služebník ukřižovaného Pána žil! S největší úzkostlivostí skrýval totiž František svaté rány před cizími. I před nejbližšími je skrýval s velkou opatrností, takže i bratři, kteří s ním stále byli a byli nejoddanějšími učedníky, dlouhou dobu o tom nevěděli… Šťastný Eliáš, který tuto ránu ještě za života světce prohlédl co nejpřesněji. Neméně šťastný byl Rufin, který se jí mohl vlastníma rukama dotýkat. Jednou totiž, když třel prsa svatého Otce, sklouzla mu ruka, jak se může lehce stát, k jeho pravému boku. A tak se náhodou dotkl drahocenné jizvy. Tento dotek způsobil světci nemalou bolest. Odstrčil Rufinovu ruku a hlasitě zvolal, aby mu to Bůh odpustil.